Michael Haydn fut comme son frère aîné Joseph, choriste à la cathédrale Saint-Étienne de Vienne. En 1763, il devint maître de concert de l'archevêque de Salzbourg.

En 1781, il succède à Wolfgang Mozart comme organiste à la cathédrale. Personnalité discrète et réservée, Michael ne se plaint pas d'être écrasé par la gloire de son frère et celle de son ami ; c'est par la qualité de son entourage que l'on reconnaît sa bonne nature.

Après le départ de Wolfgang pour Vienne, les deux hommes resteront liés, au point que Mozart écrive à sa place quelques compositions, pour le sauver d’une situation difficile (malade, il ne pouvait achever une œuvre de commande et risquait de perdre son salaire).

Mozart s’amusa beaucoup à composer, dans l’esprit de son cher ami, fier et rigolard, à l’idée de tromper son ex-employeur, le méchant prince-archevêque-jaloux-radin Colloredo.

Il fut assez fidèle en amitié pour témoigner sa compassion à Constanze lorsqu'elle perdit ses enfants nourrissons et aussi, biensûr, llors de son veuvage.

Michael Haydn fut enterré dans le même tombeau que Nannerl, la sœur de Mozart, à Salzbourg.